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原位雜交實(shí)驗(yàn)要求及步驟

2011年06月23日 10:06:08人氣:3773來源:上海玉博生物科技有限公司

 

原位雜交組織或細(xì)胞化學(xué) (In situ Hybridization Histochemistry,ISHH) 簡(jiǎn)稱原位雜交(In Situ Hybridization),屬于固相分子雜交的范疇,它是用標(biāo)記的DNARNA為探針,在原位檢測(cè)組織細(xì)胞內(nèi)特定核酸序列的方法。根據(jù)所用探針和靶核酸的不同,原位雜交可分為DNA-DNA雜交,DNA-RNA雜交和RNA-RNA雜交三類。根據(jù)探針的標(biāo)記物是否直接被檢測(cè),原位雜交又可分為直接法和間接法兩類。直接法主要用放射性同位素、熒光及某些酶標(biāo)記的探針與靶核酸進(jìn)行雜交,雜交后分別通過放射自顯影、熒光顯微鏡術(shù)或成色酶促反應(yīng)直接顯示。間接法一般用半抗原標(biāo)記探針,zui后通過免疫組織化學(xué)法對(duì)半抗原定位,間接地顯示探針與靶核酸形成的雜交體。原位雜交zui初是以同位素標(biāo)記探針進(jìn)行的。盡管同位素標(biāo)記35S,3H32P仍然廣泛使用,但非同位素標(biāo)記探針的迅速發(fā)展尤其是生物素標(biāo)記探針和地高辛標(biāo)記探針,更引起科技工作者的極大興趣。
一、基本要求
組織取材:組織取材應(yīng)盡可能新鮮。由于組織RNA降解較快,所以新鮮組織和培養(yǎng)細(xì)胞在30min內(nèi)固定。
固定目的是:
(1)保持細(xì)胞結(jié)構(gòu);
(2)zui大限度地保持細(xì)胞內(nèi)DNARNA的水平;
(3)使探針易于進(jìn)入細(xì)胞或組織。
zui常用的固定劑是多聚甲醛,與其它醛類固定劑不同,多聚甲醛不會(huì)與蛋白質(zhì)產(chǎn)生廣泛的交叉連接,因而不會(huì)影響探針穿透入細(xì)胞或組織。
增強(qiáng)組織的通透性和核酸探針的穿透性:
(1)稀酸處理和酸酐處理:為防止探針與組織中堿性蛋白之間的靜電結(jié)合,以降低背景,雜交前標(biāo)本可用0.25%乙酸酐處理10min,經(jīng)乙酸酐處理后,組織蛋白中的堿性基團(tuán)通過乙?;蛔钄唷=M織和細(xì)胞標(biāo)本亦可用0.2M HCl處理10min,稀酸能使堿性蛋白變性,結(jié)合蛋白酶消化,容易將堿性蛋白移除。
(2)去污劑處理:去污劑處理的目的是增加組織的通透性,利于雜交探針進(jìn)入組織細(xì)胞,zui常應(yīng)用的去污劑是Triton X-100。注意:過度的去污劑處理不僅影響組織的形態(tài)結(jié)構(gòu),而且還會(huì)引起靶核酸的丟失。
(3) 蛋白酶處理:蛋白酶消化能使經(jīng)固定后被遮蔽的靶核酸暴露,以增加探針對(duì)靶核酸的可及性。常用的蛋白酶有蛋白酶K(proteinase K),還有鏈霉蛋白酶(pronase)和胃蛋白酶(pepsin)等。
雜交緩沖液孵育:
雜交前用不含探針的雜交緩沖液在雜交溫度下孵育2hr,以阻斷玻片和標(biāo)本中可能與探針產(chǎn)生非特異性結(jié)合的位點(diǎn),達(dá)到減低背景的目的。
防止污染:
由于在手指皮膚及實(shí)驗(yàn)室用玻璃器皿上均可能含有RNA酶,為防止其污染影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果,在整個(gè)雜交前處理過程中都需要戴消毒手套,實(shí)驗(yàn)所用玻璃器皿及鑷子都應(yīng)于實(shí)驗(yàn)前一日置高溫烘烤(180以達(dá)到消除RNA酶的目的。雜交前及雜交時(shí)所用的溶液均需經(jīng)高壓消毒處理。
雙鏈DNA探針和靶DNA的變性:
雜交反應(yīng)進(jìn)行時(shí),探針和靶核酸都必須是單鏈的。如果用雙鏈DNA探針進(jìn)行雜交包括檢測(cè)RNA時(shí),雙鏈DNA探針在雜交前必須進(jìn)行變性。探針變性后要立即進(jìn)行雜交反應(yīng),不然解鏈的探針又會(huì)重新復(fù)性。
雜交液:
雜交液內(nèi)除含一定濃度的標(biāo)記探針外,還含有較高濃度的鹽類、甲酰胺、硫酸葡聚糖、牛血清白蛋白及載體DNARNA等。
雜交液中含有較高濃度的Na+可使雜交率增加,可以減低探針與組織標(biāo)本之間的靜電結(jié)合。甲酰胺可使Tm降低,雜交液中含每1%的甲酰胺可分別使RNA:RNARNA:DNA,DNA:DNA的雜交溫度降低0.35,0.50.65。所以,雜交液中加入適量的甲酰胺,可避免因雜交溫度過高而引起的組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的破壞以及標(biāo)本的脫落。硫酸葡聚糖能與水結(jié)合,從而減少雜交液的有效容積,提高探針有效濃度,以達(dá)到提高雜交率的目的尤其對(duì)雙鏈核酸探針。在雜交液中加入牛血清白蛋白及載體DNARNA等,都是為了阻斷探針與組織結(jié)構(gòu)成分之間的非特異性結(jié)合,以減低背景。
探針的濃度:
探針濃度依其種類和實(shí)驗(yàn)要求略有不同,一般為0.5-5.0μg/ml(0.5-5.0ng/μl)。zui適宜的探針濃度要通過實(shí)驗(yàn)才能確定。
探針的長度:
一般應(yīng)在50-300個(gè)堿基之間,zui長不宜超過400個(gè)堿基。探針短易進(jìn)入細(xì)胞,雜交率高,雜交時(shí)間短。
二、試劑準(zhǔn)備
1 0.1M PBS (pH7.2)Na2HPO4•12 H2O 61.6g、NaH2PO4•2 H2O 5.6g、NaCl 9g,加ddH2O2000ml,高壓滅菌。
2 0.2M PB ((pH7.2)Na2HPO4•12 H2O 61.6gNaH2PO4•2 H2O 5.6g ddH2O1000ml,高壓滅菌。
3 0.1M甘氨酸:0.75g甘氨酸溶于0.1M PBS,定容至100ml,高壓滅菌。
4 4%多聚甲醛:多聚甲醛40gddH2O 400ml,加熱至70左右,用1M NaOH調(diào)pH7.0,用ddH2O定容至500ml,再加0.2M PB
500ml
,總體積為1000ml。
5 16×Denhardt溶液:聚乙烯吡咯酮0.4g、小牛血清白蛋白(BSA 0.4g、聚蔗糖0.4g,加dd H2O10ml,無菌抽濾、分裝, -20保存?zhèn)溆谩?/span>
6預(yù)雜交液:去離子甲酰胺10ml、50%硫酸葡聚糖4ml,于50促溶后,再依次加入16×Denhardt0.2ml、1M Tris-HCl(pH 8.0) 0.2ml、5M NaCl 1.2ml、0.5M EDTA(pH 8.0) 0.04ml、0.1M二硫蘇糖醇 2 ml、ddH2O 2.21ml,總體積為10ml。無菌抽濾、分裝,-20保存?zhèn)溆?。臨用前加入50mg/ml變性鮭魚精DNA 75μl/ml。
7 20×SSC: NaCl 175.3g、檸檬酸三鈉88.2g,加水至800ml,用2N NaOH調(diào)pH7.0,再用ddH2O定容至1000ml
8抗體稀釋液:Triton X-100 80μl、BSA 0.2g,以0.05M PBS定容至20ml。
9
TSM1
1M Tris-HCl(pH 8.0)10ml5M NaCl 2ml1M MgCl2 1ml,加ddH2O 100ml
  
TSM2
(新鮮配制):1M Tris-HCl(pH 9.5)10ml、5M NaCl 2ml、1M MgCl2 1ml,加ddH2O100ml
顯色液(臨用前現(xiàn)配):5ml TSM2 加顯色液原液(NBT/BCIP150μl,并加適量左旋咪唑使其終濃度為0.24μg/ml,避光。
三、操作步驟
(一)取材、冰凍切片:
將動(dòng)物以3%戊巴比妥鈉麻醉,打開胸腔,暴露心臟,刺破右心耳,將針尖刺入左心室用生理鹽水灌注(灌注量約為動(dòng)物體重的2倍),再注入等量的4%多聚甲醛。(見圖2-7)。取材,置于4%多聚甲醛中后固定4hr。以0.1M PBS浸泡沖洗4-5次(換液:1/hr)。將組織塊入30%蔗糖/0.1M PBS液(4),1-2天后冰凍切片,將切片裱貼于原位雜交玻片上,切片厚度為15-20μm
(二)探針制備與檢測(cè)(定量):
1.隨機(jī)引物制備cDNA核酸探針以DIG DNA 標(biāo)記檢測(cè)試劑盒為例:
1)探針制備:
模板DNA(0.5-3μg) 15μl,100變性10min,冰浴5 min。
在冰浴中加:Hexanucleotide mix 2μl dNTPmix 2μl,Klenow Enzyme 1μl,反應(yīng)總體積為20μl37孵育過夜。
在上述20μl的標(biāo)記產(chǎn)物中加4M LiCl 2.5μl,75μl(無水預(yù)冷,輕輕混勻,-20放置 2hr。4離心12000g×15min,棄上清。70%預(yù)冷) 50μl洗滌,7500g×5min,棄上清,晾干沉淀,加TE 50μl溶解沉淀,-20保存?zhèn)溆谩?/span>
2)探針敏感性檢測(cè):
樣品稀釋:取dig-標(biāo)記探針1μl ddH2O1:10、1:1001:1000、1:1000、1:10000梯度稀釋。
取一張與點(diǎn)樣器大小相近的尼龍膜,標(biāo)記方向,ddH2O中浸泡 1min6×SSC中浸泡10min,置點(diǎn)樣器上,負(fù)壓抽吸5min。
將上述樣品點(diǎn)于尼龍膜上,繼續(xù)抽吸10min。
取下尼龍膜,置紫外燈下10cm處照射5min,晾干。
將膜置于適量預(yù)雜交液(5-10 ml)中,37預(yù)雜交10min
加入Anti-dig 抗體(1:5000),37雜交30min。
洗膜:2×SSC/0.1%SDS室溫洗10 min×2次。
顯色:15 mlTSM2中加300μl顯色液(NBT/BCIP),37避光顯色30min。
1 PCR法制備cDNA核酸探針:
(1)探針制備:
PCR DIG Probe Synthesis Kit 為例:
0.5ml離心管中,依次加入:
PCR引物 110pM 2μl;
PCR引物 110pM 2μl;
質(zhì)粒DNA 模板(10-100pg 2μl
PCR DIG mix 2μl (dNTPDIG-11-dUTP);
dNTPmix 2μl;
10×PCR buffer 5μl;
Taq 酶(2u/μl 1μl;
加入適量ddH2O,使總體積達(dá)50μl。
將上述混合液稍加離心,立即置PCR儀上,執(zhí)行擴(kuò)增。
一般:在93預(yù)變性3-5min,進(jìn)入循環(huán)擴(kuò)增階段:93 45s 58 45s 72 60s,循環(huán)30-35次,zui后在72保溫7min。
在上述PCR產(chǎn)物中加入4M LiCl 12.5μl、預(yù)冷無水375μl,輕輕混合后置于-202hr, 12,000g×15min,棄上清。70%預(yù)冷) 120μl洗滌沉淀,離心7500g×5min,棄上清,晾干沉淀,TE 50μl溶解,-20保存?zhèn)溆谩?/span>
2)探針檢測(cè):
行瓊脂糖凝膠電泳,紫外燈下觀察DIG-DNA探針含量(采用目測(cè)法)。
(三)原位雜交反應(yīng)(以DIG-cDNA探針為例):
10.1M PBS (pH 7.2) 5-10min。
20.1M甘氨酸/0.1M PBS 5min
30.3%TritonX-100/0.1M PBS 10-15min。
40.1M PBS 5min×3次,加蛋白酶K(1μg/ml),37孵育30 min
5 4%多聚甲醛浸5min。
6 0.1M PBS 5min×2次,浸入新鮮配制的含0.25%乙酸酐/0.1M三胺中10min。
7.預(yù)雜交:滴加適量預(yù)雜交液,42 30 min
<1>雜交:傾去預(yù)雜交液,在每張切片上滴加10-20μl雜交液(將探針變性后稀釋在預(yù)雜交液中,0.5 ng/μl ),覆以蓋玻片或蠟?zāi)ぃ?/span>42過夜。
<2>洗片:
(1)
4×SSC
、2×SSC1×SSC、0.5×SSC 37各洗20min;
0.2×SSC 3710min;0.2×SSC0.1M PBS各半洗10min;
0.05M PBS 5min×2次。
103% BSA/0.05M PBS 包被,37 30min。
11.滴加抗地高辛-抗血清堿性磷酸酶復(fù)合物(以抗體稀釋液1:5000稀釋)4孵育過夜。
120.05M PBS15min×4次;TSM1 10min×2次;新鮮配制TSM2 10min×2次。
13.顯色:在玻片上滴加適量顯色液,4避光過夜。
14.將玻片置于TE10-30min以終止反應(yīng)。酒精梯度脫水、二甲苯脫脂,中性樹膠封片。
15.顯微鏡下觀察結(jié)果。
四、注意事項(xiàng):
1.作為DNA-RNA的雜交,需防RNase的污染。
2.cDNA探針在雜交時(shí)必須變性解鏈。具體方法是:將探針置100加熱5min,冰浴驟冷。
關(guān)鍵詞:熒光顯微鏡
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